Vid antibiotikabehandling slås alla bakterier som är känsliga för substansen ifråga ut, oavsett om det är sjukdomsframkallande bakterier eller "goda" bakterier. Tarmfloran är inget undantag. Den fina balansen mellan tarmbakterierna rubbas då, och vissa bakteriegrupper kan växa till och ta överhanden. Detta kan ge upphov till diarréer av olika slag. Då tarmfloran är ur balans blir den också känsligare för andra infektioner. Om man samtidigt med antibiotikabehandlingen tillför levande, "goda" bakterier motverkar de att andra, potentiellt sjukdomsframkallande bakterier tar överhanden och att skyddet mot andra infektioner minskar.

Det finns alltid några bakterier som överlever en antibiotikakur. När medicineringen upphör har de bästa tänkbara möjligheter att växa till. Speciellt snabbväxande är olika arter av klostridier som kan ge upphov till bl.a. diarréer av varierande svårighetsgrad. Genom att utfodra med levande laktobaciller hämmas klostridierna och den vanliga tarmfloran får chans att återetablera sig. Därför är det viktigt att fortsätta utfodringen med levande laktobaciller 1-2 veckor efter att antibiotikabehandlingen avslutats.